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我們的基因體時代-Web3 X 去中心化科學DeSci-探索基建系列 第 20

Web3 X 去中心化科學DeSci-發表系統(III): 新型態科學組織Arcadia

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上面兩篇談到的狀況其實開始有越來越多非傳統學術領域的人有興趣改造,這些人來自於過去二十年的網際網路創業致富的創業家,比如臉書的創辦人馬克祖伯,也有在前幾年成立科學組織Chan Zuckerberg Initiative,是目前提供給開源軟體最多贊助的其中一個來源,在疫情期間有因應提供“快速”研究資金的方案,不過本質上Chan Zuckerberg Initiative還算是非營利組織,另一個新創Stripe創辦人帕特里克·科里森(Patrick Collison)也成立了一個新的研究組織Arcadia,但他們的方向更加的貼近產業,他們則把自己定義為一間"科學公司",可以看看他們的網站首頁:

https://ithelp.ithome.com.tw/upload/images/20230923/2010398975zyQLv1SB.png

新科學組織實驗Arcadia

基本上,Arcadia就是一個未來科學的面貌,他們也不斷地在嘗試,我們可以看一下他們的做法和價值觀,另一個很創新的地方是在實驗全新的科研贊助模式,即使如Chan Zuckerberg Initiative或是美國國家健康研究員來說,他們贊助的前提都是希望研究成果可以刊登在Open Access的期刊上,但Arcadia想走更極端的方式,他們創造自己的發表系統,有趣的是他們不是自己重新開發,而是直接使用新創團隊的工具PubPub,很敏捷風格,我們來看一下他們的想法和洞見,因為只有短短兩年,所以很多都是在實驗階段。

Arcadia的主要目標是在探索新興研究生物領域中開發新工具,且更專注在非模式物種,對於探索新生物的科學家來說,他們如何描述和分享研究結果對他們的進展有著巨大影響。我們正在利用創建新研究機構的機會,重新思考Arcadia研究人員該如何發表他們的研究成果,下面是他們的核心原則:

  • 最大化研究的實用性,認為傳統的開放出版系統已經遠遠落後科學的進展,包括更快速的傳播、無障礙的訪問。
  • 多元化研究工作的分享方式,將發展技術和創意基礎設施,以支持科學家以新方式傳播他們的想法、方法、結果和發現。
  • 多元化分享信息的類型,更強調分享觀察、協議、數據集和失敗的實驗和分析。
  • 快速分享工作,讓科學家更容易快速分享觀察,即使這涉及一定的不確定性。
  • 尋求盡可能多的反饋。我們將促進對所有工作的透明和更多對話式的反饋,並確保這種反饋也是公開和無障礙的。

Arcadia相信,實現這些目標的最佳方式是根據這些原則建立新的系統(科學發表或是分享系統),而不是改革現有的做法。因此,Arcadia出產或資助的所有工作都不會在學術期刊上發表,這是一個鐵定的、不可商量的原則。Arcadia的科學家將根據他們使工作對他人有用的能力來進行評估,致力於開發新的發表工具以提高實用性,這些工具將對全球研究社群的所有成員開放。

重新思考科學出版

研究最具影響力的時候是其他人能看到並在其基礎上建立的時候。原本,科學期刊的角色是通過印刷和分發研究成果來實現這一點。在今天的系統中,由於能夠在互聯網上迅速分享信息,我們現在依賴它們進行基本的完整性檢查和排版,組織同行評審,策劃文獻,以及向讀者信號質量。這些新功能產生了一系列問題,包括過程緩慢、低效、昂貴和政治化。同行評審通常提高論文的質量,但由於其大多不透明的性質,可能只是提供嚴謹性的外觀而非實質。

發布到預印本服務器解決了這些問題的很多方面,但我們希望進一步推動,探索不同的結構、顯示和反饋機制。Arcadia處於一個獨特的位置,可以利用內部的科學來展示什麼是可能的,從已經發生在開放科學社群中的創新中學習,並建構某種根本性的新事物。Arcadia將出版努力視為一個“實驗”,這將涉及概念化、測試、分析和基於初步結果的調整,通過重複這一過程,可以反復改進他們的出版方法學。

出版系統本身就是Arcadia的一個研究產品和計畫

Arcadia本身有一個發表平台Arcadia Research,利用Pubpub的工具來建置,長得就像是一個部落格,但是裡面會跟Arcadia本身的精神緊密結合,實際上是如何,可以點看這連結The experiment begins: Arcadia publishing 1.0,裡面記錄了整個Arcadia希望的研究”發表“或是他們是怎麼重新思考研究分享這件事情。

https://ithelp.ithome.com.tw/upload/images/20230926/20103989eQERDMoHFn.png

可以發現這個頁面右上角本身就有一個DOI的編碼,相對應的引用和分享機制也都有在上面。

https://ithelp.ithome.com.tw/upload/images/20230926/20103989ke4EIPnv7P.png

核心目標,以及為何選擇Pubpub做為他們合作的發表系統
https://ithelp.ithome.com.tw/upload/images/20230926/20103989WplY7TEpIj.png

  • 以著作者出發 author-driven
  • 最大化再使用能力 maximally reusable
  • 社群回饋 community feedback-strengthend sharing

https://ithelp.ithome.com.tw/upload/images/20230926/20103989LZKHgx9fLr.png

這邊則有實際的作法,比如資料分享遵照FAIR的準則,並且跟實驗分析流程有關的使用Protocol.io的服務,這塊則對標現在的一些作法。另外,每個發表稱作"pub",具有獨立的發表ID,且可以被Google Scholar收錄和可被搜尋到,且未來會把這個pub支援多種媒體形式,比如程式代碼、UI互動性等等。

閱讀參考:
Arcadia Science
Arcadia 發表平台
Reimagining scientific publishing
The experiment begins: Arcadia publishing 1.0


我們的基因體時代是我經營的部落格,如有對於合成生物學、生物資訊、檢驗醫學、資料視覺化、R語言有興趣的話,可以來交流交流!也可以追蹤我的工作IG,但就是偏向醫療為主,假如對去中心化科學有興趣,則可以進入到g0v的da0頻道中多多交流。


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